عملية تستخدم تدفقات معاكسة عبر سطح غشاء لتقليل تراكم الجسيمات. يحدث الترشيح عبر التدفق عندما يكون هناك تطبيق غير مباشر للتدفق عبر سطح الغشاء. نظرًا لأن سطح الغشاء يتراكم تدفق التغذية ، يمر المرشح بينما يتم امتصاص المحلول في الطرف المقابل من الغشاء. نظرًا لأن ترشيح التدفق المتقاطع يزيل التحجيم من سطح الغشاء ، عند وضعه بجوار الترشيح المسدود ، لا يسقط التدفق المتخلل بالسرعة نفسها. توفر تقنية التدفق المتقاطع مزايا إضافية مثل تحسين طول عمر الأغشية وجعلها أكثر مقاومة للقاذورات.