إزالة أو تقليل الملوثات والأكسجين البيولوجي للنفايات السائلة الناتجة عن معالجة مياه الصرف الصحي الأولية. يتم استخدام المعالجة الثانوية بالتبادل مع مصطلحات أخرى مثل المعالجة البيولوجية لأنها تشمل استخدام الكائنات الحية الدقيقة مثل الفطريات والبكتيريا والمواد العضوية أو النفايات. الغرض الرئيسي من المعالجة الثانوية هو ضمان مستوى من جودة النفايات السائلة من خلال محطة معالجة مياه الصرف الصحي عن طريق التخلص من المواد الذائبة والمواد الصلبة العالقة والشوائب الأخرى غير المرغوب فيها.